由于存在鱼目混珠、良莠不齐等诸多问题，我国农民专业合作社备受质疑，但这并未影响其高速增长，仅2012年这一年，就新诞生16.7万家。最新数据显示，截止2012年底农民专业合作社数量已达68.9万家。
国家工商总局1月10日公布数据显示，至2012年底，农民专业合作社实有68.9万户，比上年底增长32.07%，出资总额1.1万亿元，增长52.07%。
这一数字超出业内预期。此前，农业部农村经济体制与经营管理司司长孙中华称，农民专业合作社数量增长较快，预计2012年有望突破67万家。
一年前数字统计也是高速增长：2011年年底，全国依法登记注册的农民专业合作社达52.17万家，比2010年年增长37.62%，出资总额达7200亿元，比2010年增长60%。
我国2003年启动农民专业合作社立法工作。2006年10月31日，《中华人民共和国农民专业合作社法》经十届全国人大高票通过，2007年7月1日正式实施。到2008年底，我国农民专业合作社数量约10万家。
当前，我国正处在工业化、城镇化、农业现代化同步推进的重要时期，农民专业合作社的发展具有巨大空间和强大生命力。全国人大农业与农村委员会主任委员王云龙认为，我国农民专业合作社发展势头是好的，但总体上说，还处于发展的初级阶段，在发展中也出现了一些新情况，遇到了一些困难和问题。
谈及如何促进专业合作社健康快速发展，全国人大常委会委员、农业与农村委员会副主任委员尹成杰认为，今后一个时期，总的是在认识上要深入、深化，在摆位上要提升，在力度上要加大，在政策上要强化，千方百计的依法促进专业合作社的快速健康发展。
交通部现任部长、时任供销总社理事会主任杨传堂，在2012年7月13日供销系统会议上强调，要加大对农民合作社发展的指导，深刻把握政府支持专业合作社，专业合作社带动农民这一基本模式，努力实现专业合作社创办力度与发展质量同步提升。
农业部副部长陈晓华此前称，我国专业合作社发展经营规模普遍偏小，能直接从事加工、销售的还是少数。今后，农业部负责的所有涉农项目，同等条件下优先安排合作社承担，并联合有关部门，推动惠农强社政策落地生根。
由国家发展改革委2012年6月份颁布的《全国农村经济发展“十二五”规划》中，对于支持合作社发展也是泼墨较多，提出支持农民专业合作社兴办农产品(5.64,-0.13,-2.25%)加工企业或参股龙头企业。
针对当前合作社面临诸多难题和困境，农业部经管司长孙中华称，将逐步扩大农民专业合作社财政扶持资金的规模，重点支持合作社开展加工储藏、冷链运输、直销直供、生产经营信息化等领域建设。
