源头治理是确保食品安全底线的重要一环。“十二五”时期，全国食品安全形势稳定向好，但仍存在农业生产环境污染、农业投入品使用不当等源头污染问题。对此，规划指出要使治理关口前移、进行源头把控，到2020年使农业源头污染得到有效治理，主要农产品质量安全监测总体合格率达97％以上。
目前，我国食品安全标准基础研究滞后、科学性和实用性有待提高。规划指出，要加快食品安全标准与国际接轨，建立最严谨的食品安全标准体系，制修订不少于300项食品安全国家标准，加快生产经营卫生规范、检验方法等标准制定。
食品安全“潜规则”如何破解？“十三五”期间，我国将在严厉处罚违法违规行为方面发力。规划强调，要整治食品安全突出隐患及行业共性问题。重点治理超范围超限量使用食品添加剂、使用工业明胶生产食品、使用工业酒精生产酒类食品等“潜规则”问题，并提出整合食品安全监管、稽查、检查队伍，建立以检查为统领，集风险防范、案件调查、行政处罚、案件移送于一体的工作体系。
监管网络铺得广、织得密，食品安全才能落得实、有保障。规划明确实施全链条监管，严格保健食品、婴幼儿配方乳粉等特殊食品监管，严格网格化监管，做到“定格、定岗、定员、定责”，到“十三五”末，县、乡级100％完成食品安全网格划定。
规划还强调要提升技术支撑能力，提升风险监测和风险评估能力，加快建立职业化检查员队伍，做到专业监管。
