中国农科院作物科学研究所小麦种质资源与遗传改良创新团队获国家科技进步奖创新团队，植物保护研究所郑永权研究员主持完成的农药高效低风险技术体系创建与应用、北京畜牧兽医研究所文杰研究员主持完成的节粮优质抗病黄羽肉鸡新品种培育与应用、农业资源与农业区划研究所周卫研究员主持完成的南方低产水稻土改良与地力提升关键技术、棉花研究所严根土研究员主持完成的多抗稳产棉花新品种中棉所49的选育技术及应用、油料作物研究所黄凤洪研究员主持完成的油料功能脂质高效制备关键技术与产品创制、兰州兽医研究所才学鹏研究员主持完成的针对新传入我国口蹄疫流行毒株的高效疫苗的研制和应用6项成果分别荣获国家科技进步奖二等奖。
此外，以中国农科院及所属机构作为参与单位还获得多项国家科学技术奖。植保所参与完成的“水稻条纹叶枯病和黑条矮缩病灾变规律与绿色防控技术”、资划所参与完成的“国产陆地卫星定量遥感关键技术及应用”2项成果，分别获得了国家科技进步二等奖。作科所参与完成的“玉米重要营养品质优良基因发掘与分子育种应用”成果获国家技术发明二等奖。
