《规划》指出，近年来我国农业发展取得了巨大成就，但发展方式依然粗放，农业可持续发展面临严峻挑战。“十三五”期间要通过实施重大工程项目，不断夯实农业绿色发展的物质基础，走产出高效、产品安全、资源节约、环境友好的现代化道路。
《规划》明确了“十三五”农业资源与环境保护工程建设的总体思路，要求以绿色生态为导向，以改革创新为动力，以降低利用强度、改善产地环境、发展绿色产品为目标，突出加强重要资源保护，强化重点区域环境治理，发展资源节约型、环境友好型、生态保育型农业。同时，提出保护优先、节约优先，突出重点、分类施策，明确权责、合力推进，改革创新、完善机制的基本原则，力争5年后明显提升农业资源永续利用水平，农业环境突出问题治理取得积极进展，农业生态功能得到改善恢复，农业绿色化发展取得重要进展。
《规划》确定了加强耕地质量建设与保护、推进农业投入品减量使用、开展农业废弃物资源化利用等8项重点任务；划定了东北黑土区、南方耕地污染区、京津冀地下水超采区等7个重点区域；安排了西北地区旱作节水农业工程、草原生态保护工程、渔业资源及生态保护工程等10个重点工程。
据分析，《规划》的实施可进一步优化农牧业产业结构，提高农业投入品利用效率，提升粮食、牧草生产能力，保护、丰富渔业物种资源，促进生产生态协调发展，为农、牧、渔业生产带来巨大经济效益。同时，也可有效缓解重点区域耕地和草原退化态势，有效控制外来入侵生物蔓延，有效控制典型流域农田氮磷流失、畜禽养殖污染、农村生活污染等农业面源污染问题，改善土壤和水体环境质量，有效保护我国农业资源与生态环境，促进农业可持续发展。
