随着我国农业发展环境发生深刻变化，中央农村工作会议强调，要把推进农业供给侧结构性改革作为农村工作的主线。这是现阶段有效应对农业发展新形势的重大战略，也是深化农业体制改革，推进现代农业建设的重大举措。改革需要五管齐下，着眼解决五大战略问题。
推进农业产业组织规模经济化。当前除品种技术、机械技术推广较为容易之外，其他农业技术尤其是栽培类技术、经营管理类技术受制于小规模、细碎化经营环境，面临创新难度大、组合集成难度大、推广难度更大等困境，先进技术难以在农户层次落地生根，在产量提升、质量保障、成本控制方面难以产生明显的技术替代效果。因此，以农地“三权分置”改革为基础，以适度经营规模的家庭农场培育为基础，探索形成产业组织规模经济化农业经营体系，注重完善合作社及涉农行业组织的自律机制，解决技术推广过程普遍面临的、严重的规模不经济问题，成为必须解决的战略问题之一。
持续优化农业产业结构。维护农业产业安全及提升农业综合竞争力，基础在农业产中环节，关键在产前环节、产后环节。即农业品种技术、农业装备技术、农业工程技术、农业商业模式等创新的主体应该是涉农企业及其行业组织，但目前产前、产后环节较为薄弱，市场整合度低，基本处于过度竞争的市场状态，属于典型的劣币驱逐良币的“柠檬市场”环境。因此，以研发型、龙头型涉农企业为主导，推进整合、规制农业产前、产后环节市场主体的创新能力，形成有效激励产前、产后环节市场主体积极创新的市场环境，成为必须解决的战略问题之二。
优化农业产业布局。基于区域农业资源禀赋及生态适生性原则，构建区域分工合理、协作密切的农业产业布局体系，是中国农业发展的成功经验和基本做法。但上世纪90年代中叶以后，由于粮食类、油料类、纤维类作物的比较效益下降，增加农民收入的战略导向又上升到各级决策层的优先地位，以及农产品生产中的劳动成本、物质成本持续高速上升等原因，包括优势农产品区域布局规划在内的原有的农业布局格局受到较大的冲击，但涉农财政政策、信贷政策、保险政策、技术政策、市场规制政策整合滞后，导致上级农业政策与下级农业政策、农业研发政策与其他涉农产业政策、政府农业研发政策与市场主体技术创新行为选择之间的关系严重扭曲。因此，进一步优化农业区域布局，有效配置基于区域分工的农业产业政策体系，提高农业政策的针对性和有效性，成为必须解决的战略问题之三。
促进农业产业技术及装备密集化。现代农业是技术密集型、经营集约型及装备现代化的产业，但农业技术密集化及装备现代化是一个过程，而且是深化改革、持续创新与科技进步并重的过程。现阶段我国劳动和要素节约型的农业装备技术创新、化学技术及产品创新、生物技术及品种创新、耕作技术及栽培模式创新、信息技术创新及广泛应用和联合发力，对推动我国家庭农场适度规模化、农业产业分化及行业专业化、农业产业跨地区整合及区域集中化具有重要意义，完全有望支撑我国的农业及食品产业成为最具竞争力的产业。但现实状况是，我国农业科技政策与其他产业政策间缺乏协调性，导致农业科学研究、技术及产品创新、商业模式创新整体滞后，产业扩张过程中技术替代稀缺要素的能力非常弱，单产水平低、综合成本上升非常快，投入-产出效益不高，浪费了大量的良田、淡水等稀缺资源。因此，以深化改革为抓手，着力解决基础研究进展较快但应用研究及创新较慢，单项技术及产品创新成果较多但集成创新、整合创新较少，以及纵向创新（支撑全产业链发展的创新）较容易但横向创新（支撑同区域间产业协同发展的创新）极其困难等问题，成为必须解决的战略问题之四。
农业产业技术市场有效性培育。农业的根本出路在科技进步，但科技进步需要有效的市场环境，即需要正向激励的市场环境。但从科技体系研发与农业技术市场有效对接的关系角度看，我国农业产业技术市场依然缺乏有效性和激励性，因而技术成果从开始研发到有效推广的周期长。主要表现是，农业科教机构的考核目标要求与农业产业技术需求间依然存在较大差距，重要的农业专家依然面临依托机构的考核风险，其重点主要集中在基础研究和应用基础研究领域，兴趣依然在发表学术论文、获批科研奖励方面，难以形成有效推广的重要应用型成果；农业技术成果向研发型涉农企业转化的市场机制不畅，主要成果依然按照潜规则、通过地下市场完成交易，因而显性的推广成果通过涉农研发型企业的工程技术产品、商业模式实现市场化；与大中型、研发型涉农企业相比，农业科技机构的优势在基础研究、应用基础研究领域，创新性研发（类似R＆D）能力和竞争能力本身不够强。因此，针对农业供给侧结构性的战略安排与需要，促进协调农业技术研发体系与农业技术市场的有效性间的关系，成为必须解决的战略问题之五。
