具体来说，针对资源碎片化、共享不够等问题，建立全国农产品质量安全协作网、全国种质资源共享联盟和农业大数据联盟，初步形成了资源共享的“一盘棋”格局。针对东北秸秆综合利用，南方耕地重金属污染治理等区域重大问题，初步形成了集成解决问题的“一体化”格局。针对企业发展对科技的需要，构建企业出题、专家开方、协同创新、利益共享的运行机制，初步形成了科技与经济紧密结合的“一条龙”格局。
在机制创新方面，围绕创新资源整合、创新主体融合、创新环节结合，国家农业科技创新联盟已搭建了三大创新平台。为改变单个学科、单项技术、单兵作战的格局，搭建了多学科协同的平台，引导了不同学科交叉融合、集成创新。为解决科技创新和企业需求脱节的问题，搭建了科企合作的平台，建立了37个企业牵头的联盟，引导了优势科技资源向企业集聚。为解决科技创新中基础研究、应用研究和集成示范割裂的问题，搭建了上中下游衔接的平台，推动实现从科学研究、试验开发到推广应用的三级跳。
