方案明确，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要以现有补贴政策的改革完善为切入点，在确保国家粮食安全和农民收入稳定增长的前提下，突出绿色生态导向，将政策目标由数量增长为主转到数量质量效益并重上来。在保持存量补贴政策稳定性、连续性的基础上，优化支出结构，加强统筹协调，提高补贴资金使用的指向性；增量资金重点向资源节约型、环境友好型农业倾斜。
方案指出，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要结合农业供给侧结构性改革，注重发挥市场形成价格作用，充分利用国内国际两个市场和两种资源，调动农民和社会各方面积极性，提高补贴资金使用效率。统筹补贴、环境保护等政策措施。鼓励地方探索创新。
方案要求，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要从制约农业可持续发展的重点领域、关键环节入手，加快改革完善相关政策。全面推开农资综合补贴、种粮农民直接补贴和农作物良种补贴等农业“三项补贴”改革，鼓励各地创新补贴方式方法，切实加强农业生态资源保护，自觉提升耕地地力。鼓励发展多种形式的农业适度规模经营。支持建立健全全国农业信贷担保体系。稳步推进国内渔业油价补贴政策改革。
方案还提出，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要落实最严格的耕地保护制度，划定永久基本农田，完善保护补偿激励机制。多措并举，提升土壤肥力。探索耕地轮作休耕制度。启动实施新一轮草原生态保护补助奖励政策。扩大新一轮退耕还林还草规模，实施天然林保护全覆盖政策。建立湿地保护制度。发展节水灌溉、雨养农业，稳步推进农业水价综合改革。
