首先，阶段性产大于求与结构性短缺并存。从2004年到2015年，我国粮食产量实现“十二连增”。但是，2011年下半年以来，受临时收储政策“托市”的影响，却出现进口粮价比国内粮价低的持续“倒挂”现象。这造成进口粮食入市，国内粮食入库的尴尬情况，也促使粮食进口量持续增加，呈现出生产量、进口量、库存量“三量齐增”的怪现象，最低价格制度、临时收储政策干扰了农产品价格形成机制，控制着农民的种植意愿。
其次，农产品的整体质量还难以满足国民消费需求和国际竞争。近年来由于频繁发生的食品安全危机，导致人们对于“舌尖上的安全”十分关注，越来越多的人更为重视农产品的安全性。除此之外，市场对于农产品需求呈现出多元化、高质量和品牌化趋势。在我国如今已经解决温饱问题的情况下，人们更加注重的是品质和健康。
另外，农村劳动力的流失已经开始严重制约我国农业的发展。一方面，我国农村的老龄化状况非常严重，农村大量的青壮年劳动力涌入城市，土地撂荒问题非常突出，职业农民越来越少； 另一方面，我国农民由于总体的知识水平还比较低，传统思想观念对他们的影响还非常大，在面对高科技和产业化生产时，他们难以掌握先进的生产技能，现代农业对高技能农民的需求又十分迫切。
加快农业供给侧结构性改革，是当前和今后一个时期我国农业农村经济发展的大逻辑，也是建设现代农业的总遵循，重点是供给侧结构性改革，难点也在供给侧。
加强顶层设计，为农业供给侧结构性改革提供宏观指导。党的十八届三中全会以来，全面深化农业农村改革再度成为农业农村经济发展的主旋律。近期，政治局会议把农业供给侧改革放在首要位置，其高度史无前例。中央经济工作会议也指出要深入推进农业供给侧结构性改革。后续的执行过程中，可以预见将会出台更多农业供给侧改革细化政策，使得其逻辑得到持续强化，宏观政策的支持是农业供给侧改革的有效前提。
增加绿色优质农产品供给，抓住农业供给侧结构性改革的牛鼻子。伴随着我国经济的发展，社会的进步，农业结构调整面临的外部环境发生了重大变化：人们的饮食消费需求已由过去的吃得饱向吃得安心、吃得健康、吃得生态转变。农业的供给体系必须要对这一新的需求做出反应，瞄准市场需求，促进农业生产由“生产导向型”向“消费导向型”转变，增加绿色、生态、有机农产品的生产，同时狠抓农产品标准化生产、品牌创建、质量安全监管，确保消费者“舌尖上的安全”，不断满足城乡居民的消费需求。
改革价格机制，为农业供给侧结构性改革提供拉力。价格机制是以改革的办法解决农业供给侧结构性问题的重要手段，由市场来决定农业资源的配置，这就要求深化农产品价格形成机制和收储制度。中央经济会议明确指出要抓好玉米收储制度改革，就是要深化改革玉米的价格形成机制，最终是将主要产品的价格逐步市场化，形成新的供需平衡点。
新型城镇化与农业现代化有效互动，为农业供给侧结构性改革提供有效载体。承包土地“三权分置”适应了承包主体和经营主体不断分离，以及新型城镇化的客观趋势。新型城镇化的一个重要驱动力量来自于农业经济产业升级所涉及的各类主体，通过深化农业供给侧结构性改革，有助于新型城镇化的推进。“三权分置”最终促进了经营权向新型经营主体流转和集中，稳定了新型经营主体的预期，也提高规模经营的比例，提高劳动生产率。城镇化进程在于解决农村发展深层次矛盾问题，而不是使农村空心化，因此逐步打通产权市场化退出的通道，从而让留在农村的人有更多的资源，进而推动农村的发展。
