方案强调，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要坚持绿色引领、统筹兼顾，政府支持、市场导向，存量优化、增量倾斜，系统设计、稳妥推进的基本原则。以现有补贴政策的改革完善为切入点，在确保国家粮食安全和农民收入稳定增长的前提下，突出绿色生态导向，将政策目标由数量增长为主转到数量质量效益并重上来。在保持存量补贴政策稳定性、连续性的基础上，优化支出结构，加强统筹协调，提高补贴资金使用的指向性；增量资金重点向资源节约型、环境友好型农业倾斜，促进农业结构调整，加快转变农业发展方式。
方案指出，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要结合农业供给侧结构性改革，注重发挥市场形成价格作用，充分利用国内国际两个市场和两种资源，调动农民和社会各方面积极性，提高补贴资金使用效率。统筹补贴、环境保护等政策措施，协同推进、循序渐进、相互促进、形成合力。鼓励地方探索创新，注重总结经验，不断完善政策，稳妥推进改革。
方案强调，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要从制约农业可持续发展的重点领域、关键环节入手，加快改革完善相关政策。全面推开农资综合补贴、种粮农民直接补贴和农作物良种补贴等农业“三项补贴”改革，鼓励各地创新补贴方式方法，切实加强农业生态资源保护，自觉提升耕地地力。鼓励发展多种形式的农业适度规模经营。支持建立健全全国农业信贷担保体系。稳步推进国内渔业油价补贴政策改革。
方案指出，建立以绿色生态为导向的农业补贴制度要落实最严格的耕地保护制度，划定永久基本农田，完善保护补偿激励机制。实施“藏粮于地”、“藏粮于技”战略，树立“量质并重”、“用养结合”理念，多措并举，提升土壤肥力。探索耕地轮作休耕制度。启动实施新一轮草原生态保护补助奖励政策。扩大新一轮退耕还林还草规模，实施天然林保护全覆盖政策。建立湿地保护制度。发展节水灌溉、雨养农业，稳步推进农业水价综合改革。
方案要求，有关部门要加强统筹协调，明确责任分工，及时研究解决以绿色生态为导向的农业补贴制度建设中的重大问题，推动各项改革任务落实到位。要合理保障绿色生态农业投入，建立绩效评价机制，充分利用国内国际两个市场和两种资源，加强舆论宣传引导。地方各级政府要把建立以绿色生态为导向的农业补贴制度作为推进农业现代化和生态文明建设的重要抓手，列入重要议事日程，明确目标任务、时间表、路线图，狠抓各项工作落实。
