近年来，环保部采取了一系列措施，积极推进农业环保工作，促进农业现代化建设。一是积极推进农村环保法规建设。环保部联合农业部起草并推动《畜禽规模养殖污染防治条例》（国务院令第643号）颁布实施，确立了以畜禽粪便等废弃物综合利用、提高种养结合水平为核心的“少管制、促发展”的全新立法思路，为增强农业可持续发展能力提供了法律依据；二是积极推进农村环境综合整治。截至2015年，中央财政累计安排专项资金315亿元，支持全国7.8万个村庄开展农村环境综合整治，共建成农村生活垃圾收转、处理设施450多万个，畜禽养殖污染治理设施14万套，农村生活垃圾、畜禽粪便年处理量分别达2770多万吨和3040多万吨，受益人数达1.4亿人；三是积极推动有机农业发展。环保部把建设有机食品生产基地作为实现环境保护和生产发展双赢的有力抓手予以扎实推进，2003年以来，共建成国家有机食品生产基地176个，对促进区域农业生态保护水平提升、引导农业生产方式转变起到了积极的示范引领作用。
但是，我国农村环境污染问题仍然突出。一是秸秆利用水平还比较低。我国每年产生秸秆约9亿吨，利用率为76.4％，每年仍有约2亿吨秸秆被露天焚烧或抛弃在河道坑塘。二是畜禽粪便资源浪费严重。我国每年产生各类畜禽粪便38亿吨左右，利用率约60%。其中，规模化畜禽养殖化学需氧量、氨氮排放量是我国水污染物减排重点和难点。三是化肥农药不科学施用导致的污染。我国目前的化肥当季利用率仅为三分之一左右，农药有效率不足10％，水体富营养化和生物多样性退化等问题仍然严重。四是农村生活污水和垃圾处理率低。我国每年产生1.2亿吨生活垃圾和160亿吨生活污水，大部分疏于管理，而“以奖促治”政策覆盖率仅约14％，农村环境脏乱差情况还未得到根治。这些问题，阻碍了农村和农业的绿色发展，与农业现代化和生态文明建设的要求不相适应。
我国农村和农业环境问题是伴随着我国农村社会经济发展而来的。简单的讲，就是原先基于一家一户的小规模低水平循环农业、种养结合模式被依靠化肥、农药投入的化学农业模式所打破，而新型的基于更大规模更高水平的循环农业、种养结合模式没有形成，大量粪便、秸秆等资源得不到有效利用，地力普遍下降，不得不依靠更多的化肥等投入品来保障农作物产量。
为此，必须从引导农业生产方式和农村生活方式转变入手，推动我国农业环境问题的逐步解决。一是要通过科学划定禁养区，减少规模化养殖对饮用水源、人口集中区等环境敏感点的环境压力。二是要建立粪便、秸秆等有机废弃物“收集-转化-利用”三级体系，引入社会资本，引导农民参与，建立以“用”为核心、以利益共享为基础的治理体系及长效机制。三是进一步推动畜禽养殖业适度规模发展和合理布局，提高种养结合水平，促使更多畜禽粪肥实现就地就近利用，提升地力，促进化肥减量。四是采取奖励和监督相结合的方式，积极落实农村生活垃圾分类，实现农村生活废弃物减量化、资源化，进一步降低农村生活垃圾处理成本和环境风险。五是以提高水资源利用率为核心，因地制宜地采取生态化、低成本、免维护的农村生活污水处理模式，不断提高农村生活污水处理和利用水平。六是加大农业生态保护力度，进一步推进退耕还林还湿，加大渔业资源保护力度，科学推动休耕轮作，加强土壤污染防治和耕地保护，加快解决农业突出环境问题。
