二、指导思想、总体目标与基本原则
（一）指导思想
全面贯彻创新、协调、绿色、开放、共享的发展理念，以畜禽遗传资源有效保护和有序开发为目标，坚持依法保护，加大政策支持，强化科技驱动，完善体制机制，建立健全畜禽遗传资源保护体系、种质评价体系和动态监测预警体系，努力开创保护与利用相结合、资源优势和产业优势相融合的新格局，为我国现代畜牧业可持续健康发展提供有力支撑。
（二）总体目标
畜禽遗传资源保护与利用的支持保障体系进一步加强，主要畜禽品种重要性状评估评价体系进一步完善，国家畜禽遗传资源动态监测预警体系初步建成。到2020年，国家级保护品种有效保护率达到95%以上，提高5个百分点，省级保护品种有效保护率达到80%以上，提高10个百分点，确保重要资源不丢失、种质特性不改变、经济性状不降低。以地方品种为主要素材，自主培育一批畜禽新品种、新品系、配套系，打造一批以特色畜产品开发为主导的产业化龙头企业。
（三）基本原则
——政府主导，社会参与。畜禽遗传资源保护以国家为主，强化各级政府主体责任，加大财政资金扶持力度。充分发挥技术推广机构支撑作用，支持鼓励科研教学机构、龙头企业和社会公众广泛参与，形成以公益性保护为主、多元主体共同参与的局面。
——分级保护，突出重点。建立健全国家和省级分级保护制度，完善保护名录，科学确定保护优先序。制定重点品种个性化保护方案，确保重要资源得到有效保护。
——依法管理，科技驱动。全面贯彻落实《畜牧法》及其配套法规，加强资源鉴定、保护、开发、合作利用等重点环节监管。创新保种理论和保护方法，充分采用现代生物技术和信息化技术，为资源有效保护利用提供支撑。
——以保为主，以用促保。以有效保护为前提，以开发利用促进保护，推动资源共享和可持续利用。挖掘地方品种开发潜力，促进资源优势转化为市场优势，实现保护与利用有机结合。
三、主要畜种保护重点与利用方向
（一）猪
重点保护42个国家级保护品种，以活体保护为主，提升完善现有国家级保种场，探索建设区域性活体基因库，主要保护繁殖性能、肉品质、抗逆性等种质特性。
利用方向是，采用杂交选育与本品种选育相结合，开展有针对性的杂交利用和新品种、新品系和配套系培育。
（二）牛
重点保护21个国家级保护品种，以活体保护和遗传物质保存相结合，加强基因库建设，黄牛主要保护肉品质，水牛主要保护抗病力，牦牛主要保护抗逆性等种质特性。
黄牛利用方向是，有序开展杂交改良，提高肉用生产性能；选择本品种选育基础较好的群体，探索培育新品种。水牛利用方向是，在加强本品种选育的基础上，有计划地引入河流型水牛进行杂交改良，提高乳用性能。牦牛利用方向是，加强本品种选育，通过杂交改良，提高生产性能。
（三）羊
重点保护27个国家级保护品种，以活体保护为主，兼顾遗传物质保存，试点建设国家级区域性活体基因库，主要保护繁殖性能、肉品质、抗逆性等种质特性。
利用方向是，积极开展本品种选育和杂交改良，加快培育适应市场需求的新品种。
（四）家禽
重点保护49个国家级保护品种，以保种场和活体基因库为主，探索建设国家级区域性活体基因库。鸡主要保护肉蛋品质，鸭鹅主要保护抗逆性、肉品质等特征特性。
利用方向是，强化地方品种的本品种选育，积极培育特色配套系。
（五）其他
重点保护20个国家级保护品种。蜜蜂以保护区保护为主，兼顾基因库保护；兔、马、驴、骆驼、鹿等以活体保护为主，主要保护产品品质、抗逆性等特色种质特性。
利用方向是，加强本品种选育，因地制宜开展蜂蜜、蜂王浆、兔肉、驴皮、鹿茸等特色产品开发，拓展文化、体育和医药等功能。
