农业面源污染是指由沉积物、农药、废料、致病菌等分散污染源引起的对水层、湖泊、河岸、滨岸、大气等生态系统的污染。围绕农业面源污染防治，农业部此前制定“一控两减三基本”的目标，即严格控制农业用水总量，把化肥农药用量减下来，实现畜禽粪便、农作物秸秆、农膜基本资源化利用。农业部科教司副司长、生态总站站长王衍亮表示，经过治理，我国农业面源污染形势趋稳。
王衍亮介绍，2013年以后，污染源化学需氧量和总磷两个指标已经开始下降，总氮趋稳，这就是一个基本的判断。一说化肥、农药、畜禽粪便，好像就对水有很大污染。排放量不等于污染量。比如化肥，从这个田块排出到另一个田块就叫排放量。但它到另外一个田块又被另外一个田块吸收了，再到另外一个田块，一直流到水里面。流到水里的量是多少？大约仅占排出量的5%到7%。
根据农业部部署，到2020年，我国化肥农药使用量将实现零增长，利用率达到40%以上。明年，相关试点范围将继续扩大。此外，对畜禽水产养殖粪污的治理力度也将进一步加大。王衍亮表示，扩大化肥减量增效试点范围，继续扩大低毒生物农药补贴试点范围。指导地方加快生猪养殖布局调整，南方水网密集区生猪存栏已调减超过1600万头。
