为保证资金安全有效和项目顺利实施，财政部日前新修订了《国家农业综合开发资金和项目管理办法》，并于2017年1月1日起施行。按照新《管理办法》，国家农业综合开发办的审批权限全部下放到省级。
财政部有关负责人表示，新《管理办法》进一步明确了新时期农业综合开发工作的主要任务，增加了转变农业发展方式，推进农村一、二、三产业融合发展，促进农业可持续发展和农业现代化的要求。
新《管理办法》增加了监督管理内容，在权力下放的同时，强调加强属地化管理和层级监管，规定省级农发机构可以适当下放项目评审、择优确定项目、项目调整批复的权限，明确土地治理项目验收由省级或设区市级农发机构负责，产业化发展项目由县级农发机构组织验收。
新《管理办法》明确由国家农发办确定下一年度扶持政策和重点，地方各级农发机构结合本地情况建立项目库，实行动态管理；简化和规范项目申报和批复的流程，明确各环节中地方各级农发机构的权责；将土地治理项目管理有关规定与基本建设财务制度进行了衔接。
按照新预算法等有关规定，明确由中央财政与地方财政分别承担农业综合开发支出责任；中央财政农业综合开发资金分配主要采取因素法，分配因素包括基础资源因素、工作绩效因素和其他因素；归并两类项目的资金使用范围，调整项目管理费提取比例和列支范围；不再具体规定省级财政资金投入比例、自筹资金投入比例、土地治理和产业化发展项目投入比例等。
新《管理办法》增加了促进农业可持续发展的有关内容。提出农业综合开发应当优化开发布局，对资源环境承载能力强、能够永续利用的区域实行重点开发；对资源环境承载能力有限，但有一定恢复潜力、能够达到生态平衡和环境再生的区域实行保护性开发，以生态综合治理和保护为主，适度开展高标准农田建设；对资源环境承载能力较差、生态比较脆弱的区域实行限制开发，以生态环境恢复为主。强调农业综合开发应当开发和保护并重，在开发中保护、保护中开发。
