合作社开展信用合作仍然面临诸多问题和挑战：
一是部分合作社的信用合作操作不规范，存在借贷对象超出成员范围、承诺较高利息等问题。还有些合作社将农民的互助资金直接用于合作社规模化生产项目，给信用合作社带来巨大风险。
二是部分个人和组织假冒合作社名义开展非法集资，混淆了非法借贷和合作社信用合作的概念，危及到合作社事业的健康发展。
三是合作社开展信用合作缺乏法律的保障。现行农民专业合作社法中并没有涉及农民合作社开展信用合作的内容，其他相关法律法规对于合作社内部信用合作的监管职责也没有明确规定。
四是风险防范机制有待健全。合作社开展信用合作存在一些潜在的风险，包括产业的自然风险和市场风险、成员经营管理风险和道德风险，以及合作社经营中的管理风险等。因此，需要构建有效的风险防范与化解机制。
优化制度环境，加强风险防范
一是强化合作社内部信用合作的法律保障。随着农村分工分业深化，农民之间的合作内容、合作领域和合作形式呈现多元化、综合化等趋势。合作社服务功能将进一步深化拓展，生产合作、供销合作、信用合作将加速融合。因此，应顺应合作社的发展趋势和农民社员的多样化需求，在合作社法修订中将信用合作予以明确。同时，鉴于内部资金互助专业性较强、风险性相对较大等特点，应在修法过程中，将“坚持社员制、封闭性原则，不对外吸储放贷、不支付固定回报”等原则进一步细化，形成可依法操作的条款，强化风险防控措施。
二是明确合作社可以依法自主开展内部信用合作。合作社内部信用合作不是专门的金融机构，只是合作社内部封闭运行的一项业务。而且其面广量大、业务形式多种多样，按照正规金融组织的方式进行监管和审批的难度很大。应允许合作社在符合法律规定的前提下，可以根据成员需求依法自主开展，并通过民主管理等手段加强风险防范。
三是地方政府要强化指导和服务。地方政府要组织相关部门，对开展内部信用合作的合作社进行指导，按照成员制、内部性、产业性、吸股不吸储、分红不付息、风险可掌控的原则对其进行规范，推动其健全各项管理制度。地方政府应制定合作社内部信用合作的指定托管银行，并建立由银行和监管部门共同参与的实时监控，及时发现合作社信用合作中的异常行为，防止发生大规模的集资和放贷。
四是加强对非法集资的打击力度。当前受农村资金借贷需求与理财需求旺盛和农村金融市场抑制矛盾制约，农村非法借贷时有发生。地方政府要组织金融和公检法等各个部门，统筹协调，加大对非法集资行为的打击力度，为合作社内部信用合作创造更好的外部环境。
