发生洪涝灾害时，大量畜禽因灾死亡，尸体腐烂，病原容易感染扩散，土壤中的大量病原微生物暴露，易污染水源等环境;畜禽抵抗力下降，容易受到疫病侵袭，造成口蹄疫、高致病性蓝耳病，高致病性禽流感等重大动物疫病，以及血吸虫病、炭疽、猪链球菌病、钩端螺旋体等多种人畜共患病的发生和流行。
为做好灾后畜禽防疫工作，灾区应重点抓好以下几项工作:一是及时无害化处理死亡畜禽;二是对饲养场内外环境和屠宰场、交易市场和畜禽尸体处理等场所消毒;三是加强动物疫病免疫接种;四是加强饲养管理和生物安全措施，确保畜禽饲料和饮水安全，确保养殖环境卫生。
一、病死畜禽、粪便的无害化处理
发生洪涝灾害时，由于死亡畜禽体内带有大量微生物，如不及时进行无害化处理，任其腐烂发臭，病菌会到处扩散，不仅污染环境，还容易引发人畜共患病。
(一)处理方法
及时打捞死亡畜禽尸体、集中处理。最简单有效的处理方法是深埋，深埋应选择高岗地带。有条件的地方可以进行焚烧后深埋处理，或直接投入无害化处理池，条件好的地区可以集中定点进行化制处理。
(二)灾区畜禽尸体深埋处理技术要点
1.设施设备。根据死亡动物处理数量大小，准备好作业工具，如卡车(在卡车底层接触面铺垫塑料薄膜)、拖拉机、挖掘机、推土机、装卸工具、动物尸体装运袋(最好密封)等。运输车辆应防止体液渗漏，接触面应易于反复清洗消毒。
2.畜禽尸体运输。动物尸体最好装入密封袋，运输车辆密闭防渗，车辆和相关运输设施离开圈舍和掩埋点时应进行消毒。动物尸体不得与食品、活畜禽同车运送。
3.畜禽深埋坑选择。有足够封土掩盖，土壤渗透性不高(如土壤渗透性较高，掩埋点坑底至少高于地下水位1米)，与江河、湖泊、池塘、井水等水体有一定距离，至少100米~150米，另外要考虑便于动物尸体运抵，避开公共视野，距离居民区至少100米，避开洪水经常冲刷之地和岩石层。
特定情况下，饲养场死亡动物可考虑就地掩埋。零散小动物(如鸡等)可掩埋在树根下等地方。
4.掩埋坑体的挖掘。坑体体积一般为动物尸体体积的2倍到4倍。坑体宽度一般不小于1.2米，深度一般为2米，不超过3米，长度要能够容纳所有死亡动物。坑底应相对平坦。如果需要多个掩埋坑，坑间距不小于1米。坑体体积可按动物尸体估计重量计算:动物尸体体积(立方米)=动物尸体估计重量(千克)/1000。
5.掩埋方法及要求。在掩埋坑底铺撒生石灰，然后铺设一些干材;再将尸体置于坑中后，浇上燃油进行焚烧，待焚烧过后，加土覆盖，覆盖土层厚度不得低于1.5米。当小动物尸体数量较大时，可分层焚烧掩埋，每层尸体厚度一般不超过0.3米，中间铺设干材至少0.3米，依次分层焚烧掩埋，最后覆盖土层厚度不得低于1.5米。掩埋过程中，掩土不得压实，以免影响自然腐化。掩埋后，应防止野生动物(野狗、野猫等)刨挖。
6.在无害化处理场周边拉设警戒线和警告牌。防止人员误入发生危险;第一周安排工作人员定时巡查，防止不法分子盗挖畜禽尸体倒卖。
7.对因炭疽等共患病死亡的畜禽尸体，绝对不能直接进行掩埋处置，必须用先焚烧处理，待焚烧彻底后再将焚烧物质一同深埋。
8.对在野外发现的动物尸体也要及时收集进行无害化处理。
(三)工作人员的防护安全
一是工作人员在无害化处置作业时，要穿戴防护服、橡胶手套、口罩、护目镜和胶靴。二是处置完毕后及时清洗消毒，接受健康监测，出现不良症状时应尽快到卫生部门检查。
(四)畜禽排泄物及污水处理
畜禽粪便、垫草、污水都必须全部进入沼气池或集中堆积起来，密闭发酵42天后才可还田使用;对于少量的粪便或垫草可晾晒、干制后集中焚烧处理;饲养场的污水必须经3次沉淀，流出的清水才可排出。告示养殖户，禁止向水源、河流、路边等处随意丢弃畜禽尸体。
二、消毒
洪涝灾区连续遭受强降雨，死亡畜禽和各种污物随水流动，水源等环境易受到污染。同时，土壤中的病菌被雨水冲出来，也会引发疫病。为消灭环境中病原体，切断传播途径，预防和控制传染病流行，保障人畜健康，必须进行大消毒。灾区的畜牧兽医部门要指导受灾养殖场(户)开展消毒工作，指导规模养殖场、养殖小区落实卫生消毒措施，防止发生疫情。
(一)消毒范围
洪灾过后要指导灾区养殖场(户)做好圈舍及周围环境的清扫消毒工作。一要做好畜禽舍环境的清扫工作，防止野生动物侵入，消灭老鼠和蚊蝇;二要对所有圈舍进行一次全面消毒。消毒重点是畜禽舍、屠宰场(点)、畜禽及其产品加工、销售场地、仓库、中转场地、牲畜市场、农贸市场、饮水源、畜禽运输车辆、用具等;特别是是对死亡动物的圈舍进行彻底、多次消毒。
1.圈舍及环境消毒:灾后要对圈舍和周围环境进行彻底的清理消毒。一是对倒塌的圈舍消毒，重点是对死亡动物的和圈舍进行彻底消毒;二是对可继续使用的养殖场消毒，大型养殖场要定期清扫，定期用消毒剂消毒，保持圈舍清洁和环境卫生，防止野生动物侵入，消灭老鼠和蚊蝇。小型养殖场及散养户，重点是经常性地清扫圈舍和处理粪便，保持清洁。如发生疫情，就要用化学消毒药品或消毒剂进行消毒。三是对重建的圈舍消毒，除按常规消毒外，灾后还应根据疾病的流行情况增加消毒次数，选择合适的消毒药品。有条件的地方，建立沼气池，发酵处理粪便，防止蚊蝇滋生。
2.活畜禽交易市场的消毒管理:用刺激性小的消毒剂，进行带鸡和带猪等畜禽体表消毒，对畜禽交易场所、运输车辆和笼具等进行清扫消毒;要建立定期的休市消毒制度。
(二)常用消毒药品及使用方法
1.生石灰:适用刷棚圈墙壁、桩柱及地面的铺洒消毒等。石灰水的配制方法:1公斤生石灰加4~9公斤水。先将生石灰放在桶内，加少量水使其溶解，然后加足水量。注意石灰水现配现用，放置时间过长会失效。
2.烧碱:2%烧碱溶液可用来消毒棚圈、场地、用具和车辆等。3%~5%的烧碱溶液，可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈时，将家畜赶(牵)出栏圈，经半天时间，将消毒过的饲槽、水槽、水泥地或木板地用水冲洗后，再让家畜进圈。
3.过氧乙酸:2%~5%的过氧乙酸溶液，可喷雾消毒棚圈、场地、墙壁、用具、车船、粪便等。
4.复合酚:复合酚100~300倍液适用于消毒畜舍、场地、污物等。
5.季铵盐类:用3000倍稀释液喷洒、冲洗、浸渍，可用来消毒畜舍、环境、机械、器具、种蛋等。季铵盐类2000倍液可用于紧急预防畜禽舍的消毒。季铵盐类10000~20000倍稀释液可预防储水塔、饮水器被污物堵塞，可以杀死微生物、除藻、除臭、改善水质。
此外，可选用蓝光A+B、灭毒杀、杀毒霸、杀毒先锋、氯制剂、碘制剂、酸制剂等药品，按说明书要求配制后对圈舍环境、器械等进行消毒。
(三)消毒次数
要保证消毒频率。灾后环境至少每周消毒两次，圈舍可带畜禽每周消毒3~4次。一旦发生疫情，应增加消毒次数，并对消毒效果进行监测。
要保证消毒药物的有效浓度;防止酸碱消毒剂同时混合使用，影响消毒效果。
(四)工作人员消毒
工作人员完成无害化处置工作和消毒工作后，应将脱下的防护服、手套、口罩等集中焚烧处理;接触污染物后，应使用免洗手消毒剂涂擦双手，消毒作用时间应不低于1分钟，然后用水清洗。
三、重大动物疫病补免工作
规模养殖场户要结合防控工作实际情况切实做好口蹄疫、高致病性禽流感、高致病性猪蓝耳病、猪瘟等重大动物疫病的补免工作，对免疫监测中抗体不合格的畜禽要及时补免。
(一)加强免疫，切实提高畜禽自身抵抗力
免疫是防控口蹄疫、高致病性猪蓝耳病、高致病性禽流感等重大动物疫病的有效措施。灾区出现的地方流行性动物疫病，主要原因在于免疫不过关。要根据应急监测情况，对抗体水平低、即将超过免疫保护期和新补栏畜禽尽快开展高致病性猪蓝耳病、禽流感、口蹄疫和猪瘟等动物重大疫病补免和强化免疫工作，在灾后尽快完成集中补免工作。重点对规模养殖场户抗体水平开展检测，确保规模场免疫抗体水平。要特别强化母猪、断奶仔猪免疫工作，做到应免尽免。要结合当地流行情况，对老疫区、人口密集区和临时人员安置点周围等地区开展紧急免疫。要面向基层防疫人员和广大养殖户，积极开展《动物防疫法》和相关动物重大疫病防控知识宣传，切实提高基层防疫人员的防疫水平和广大养殖户的自主防疫意识。
(二)加强监测，及时消除疫情隐患
要进一步加大受灾地区动物疫情监测和流行病学调查力度，及时发现和排除隐患。重点对规模养殖场(户)、曾经发生过疫情的地区和其他高风险地区畜禽集中开展抗体检测工作。发现疫情要及时采样送检，做好监测和流行病学调查，从免疫、调运、周边疫情、饲养等方面综合分析疫情发生原因。根据监测结果，灾区畜牧兽医部门要加强专项督促检查，确保各项防控措施落到实处;县、乡包片兽医要加大养殖场(户)的巡查力度，发现疫情及时报告，及时处置。
四、预防霉变饲料中毒及饲养管理
(一)预防霉变饲料中毒
灾区连降大雨，湿度大，易引起饲料霉变，霉变饲料中霉菌能引起动物中毒。中毒后，一般动物体温正常，粪便干燥，有呕吐症状。母猪不孕并有流产现象。有的出现神经症状，严重的出现死亡。全身多处部位包括内脏出血，肝脏有坏死。
霉菌饲料中毒没有有效治疗方法，重在预防，严禁饲喂腐败、变质或霉变的饲料。霉变饲料可用集中焚烧或还田处理;注意饲料的保质期，防止食用过期饲料。
(二)加强饲养管理
一要尽快疏通畜禽养殖场的排水通道，排除畜舍内的积水，修复、加固破损的畜舍，不能及时修复的，应尽快将畜禽转移至干燥、安全地带。二要创造良好的饲养环境，保持畜舍内的卫生，及时清理粪便，做好通风工作。三要供给营养丰富的饲料和清洁的饮水。饲料要少添勤喂，避免发霉。在饮水中可加入复合维生素B和Vc，增强畜禽抵抗力，增加食欲，消除应激。四要加强种畜禽的饲养，做好母畜的保胎，对已流产的母畜，要增加营养，及时配种，同时加强子畜的保育工作。五要对低龄、体弱、伤残、病情严重的畜禽及时淘汰，降低饲养成本。商品畜禽达到出栏标准的要尽快出栏，降低饲养密度。
五、洪涝灾害后动物疫病防治技术
发生洪涝灾害时易发的动物疫病包括日本血吸虫病、炭疽、猪链球菌病、猪肺疫、猪丹毒病、钩端螺旋体病、乙型脑炎、高致病性猪蓝耳病等。
(一)日本血吸虫病
日本血吸虫病是由日本血吸虫寄生于人或哺乳动物引起的一种人畜共患的寄生虫病。农业部将其列为二类动物疫病，卫生部将其列为乙类人间传染病。
1.流行情况
我国日本血吸虫病流行区可划分为三个类型，即水网型、湖沼型及山丘型。 水网型:地处长江与钱塘江之间，即长江三角洲的广大平原地区。湖沼型:地处长江中下游沿江两岸的洲滩以及与长江相通的广大湖区。山丘型:主要分布在四川、云南两省的山区和丘陵地带。
日本血吸虫病畜和患者的粪便中含有活卵，为本病主要传染源。猪、犬本身为宿主，可成为传染源。哺乳动物对日本血吸虫几乎都易感。牛(水牛、黄牛)和羊最易感，人也易感。该病主要通过皮肤、粘膜与疫水接触遭受感染。感染钉螺逸出尾蚴污染水源，含有尾蚴的水称为疫水，人畜接触疫水而发病。经水传播是血吸虫病的主要传播途径。各种动物与疫水接触的频率及接触的面积不同，因而感染率及感染程度也不同。同种动物的感染率与感染程度在不同地域也不相同。
2.临床症状
临床症状因感染家畜的品种、年龄和感染强度而异，一般黄牛、奶牛较水牛、马属动物、猪明显，山羊较绵羊明显，犊牛较成年牛明显。临床症状主要表现为消瘦，被毛粗乱，拉稀，便血，生长停滞，役牛耕作力下降，奶牛产奶量下降，母畜不孕或流产，少数患畜特别是重度感染的犊牛和羊，往往长期拉稀、便血，直肠外翻、疼痛，食欲停止，步态摇摆、久卧不起，呼吸缓慢，最后衰竭而死亡。
人感染血吸虫病临床症状可分为急性、慢性和晚期三种。急性血吸虫病的症状，多发生于初次感染者，有的人在接触部位的皮肤出现点状红色丘疹，奇痒。慢性血吸虫病的症状，主要表现为慢性腹泻或下痢。晚期血吸虫病有几种类型，(1)腹水型，腹水是晚期血吸虫病的主要体征之一，(2)巨脾型，(3)侏儒型，(4)结肠增殖型。晚期血吸虫病常见的并发症有上消化道出血和肝昏迷。上消化道大出血和肝衰竭是死亡的主要原因。
3.防治措施
实施农业工程灭螺(水改旱、水旱轮作、沟渠硬化、养殖灭螺)和家畜传染源管理(家畜圈养、以机代牛、建沼气池、家畜查治)等农业血防重点项目、保护水源及安全放牧，切断血吸虫病传播途径，预防和控制血吸虫病。
在疫区进行病原学或血清学方法查病，或采用血清学方法筛查，对查出的阳性畜再用病原学方法确诊，查出的病畜采用吡喹酮进行治疗或对所有接触疫水的家畜实施普治。做好病畜治疗记录并整理成册，归档备查。
4.公共卫生与人员防护
在血防重疫区有螺地带，加强警戒标志，杜绝放牧家畜和人员接触疫水，如果非要接触，必须做好人员防护。
人只要接触疫水就可能感染血吸虫，继而发病。接触疫水的次数越多，感染血吸虫的可能性也就越大。在血吸虫病疫区从事生产劳动的农民、渔民、船民等人群更容易感染。近年来，有从疫区流向非疫区，从非疫区流向疫区，或从一个疫区流向另一个疫区的人群，上述人员出现皮疹、发热、腹痛、腹泻、乏力、肝脏不适等症状时应主动接受检查。少年儿童、家庭妇女要远离疫水。从事生产活动的农民朋友要穿戴防护器具及使用防护药物。要穿高筒胶鞋或防护服，戴手套;凡接触疫水的部位均要涂遍防护药物。目前使用较多的防护药剂主要有:防护油膏、皮避敌、防蚴霜、防蚴笔等。目前口服的药物有青蒿琥酯或蒿甲醚，可杀死进入体内的血吸虫童虫，预防效果较好。做好粪便处理工作，防止粪便污染水源，杀灭粪便中的血吸虫卵。
(二)炭疽
炭疽是由炭疽芽胞杆菌引起的一种人畜共患传染病。世界动物卫生组织将其列为必须报告的动物疫病，我国将其列为二类动物疫病。
1.诊断及流行特点
本病为人畜共患传染病，各种家畜、野生动物及人对本病都有不同程度的易感性。草食动物最易感，其次是杂食动物，再次是肉食动物，家禽一般不感染;人也易感。
本病呈地方性流行。有一定的季节性，多发生在吸血昆虫多、雨水多、洪水泛滥的季节。
患病动物和因炭疽而死亡的动物尸体以及污染的土壤、草地、水、饲料都是本病的主要传染源，炭疽芽胞对环境具有很强的抵抗力，其污染的土壤、水源及场地可形成持久的疫源地。本病主要经消化道、呼吸道和皮肤感染。
本病主要呈急性经过，多以突然死亡、天然孔出血、尸僵不全为特征。
牛:体温升高常达41℃以上，可视黏膜呈暗紫色，心动过速、呼吸困难。呈慢性经过的病牛，在颈、胸前、肩胛、腹下或外阴部常见水肿;皮肤病灶温度增高，坚硬，有压痛，也可发生坏死，有时形成溃疡;颈部水肿常与咽炎和喉头水肿相伴发生，致使呼吸困难加重。急性病例一般经24~36小时后死亡，亚急性病例一般经2~5天后死亡。
马:体温升高，腹下、乳房、肩及咽喉部常见水肿。舌炭疽多见呼吸困难、发绀;肠炭疽腹痛明显。急性病例一般经24~36小时后死亡，有炭疽痈时，病程可达3~8天。
羊:多表现为最急性(猝死)病症，摇摆、磨牙、抽搐，挣扎、突然倒毙，有的可见从天然孔流出带气泡的黑红色血液。病程稍长者也只持续数小时后死亡。
猪:多为局限性变化，呈慢性经过，临床症状不明显，常在宰后见病变。
犬和其它肉食动物临床症状不明显。
3.疫情处置
当地畜牧兽医部门接到疑似炭疽疫情报告后，应及时派人员到现场进行流行病学调查和临床检查，采集病料送符合规定的实验室诊断，并立即隔离疑似患病动物及同群动物，限制移动。对病死动物尸体，严禁进行解剖检查，采样时必须按规定进行，防止病原污染环境，形成永久性疫源地。
本病呈零星散发时，应对患病动物作无血扑杀处理，对同群动物立即进行强制免疫接种，并隔离观察20天。对病死动物及排泄物、可能被污染饲料、污水等按要求进行无害化处理;对可能被污染的物品、交通工具、用具、动物舍进行严格彻底消毒。疫区、受威胁区所有易感动物进行紧急免疫接种。对病死动物尸体严禁进行开放式解剖检查，采样必须按规定进行，防止病原污染环境，形成永久性疫源地。
本病呈暴发流行时(1个县10天内发现5头以上的患病动物)，要报请同级人民政府对疫区实行封锁;疫点出入口必须设立消毒设施。限制人、易感动物、车辆进出和动物产品及可能受污染的物品运出。对疫点内动物舍、场地以及所有运载工具、饮水用具等必须进行严格彻底地消毒。患病动物和同群动物全部进行无血扑杀处理。其它易感动物紧急免疫接种。对所有病死动物、被扑杀动物，以及排泄物和可能被污染的垫料、饲料等物品产品按要求进行无害化处理。动物尸体需要运送时，应使用防漏容器，须有明显标志，并在动物防疫监督机构的监督下实施。停止疫区内动物及其产品的交易、移动。所有易感动物必须圈养，或在指定地点放养;对动物舍、道路等可能污染的场所进行消毒。对疫区和受威胁区内的所有易感动物进行紧急免疫接种，并进行疫源分析与流行病学调查。
5.防控措施
一是环境控制。饲养、生产、经营场所和屠宰场必须符合《动物防疫条件审查办法》规定的动物防疫条件，建立严格的卫生(消毒)管理制度。二是免疫接种。各省根据当地疫情流行情况，按农业部制定的免疫方案，确定免疫接种对象、范围;使用国家批准的炭疽疫苗，并按免疫程序进行适时免疫接种，做好免疫记录。三是消毒灭源。对新老疫区进行经常性消毒，洪涝灾害时要重点消毒。皮张、毛等按要求实施消毒。
