通知指出，推进农业“三项补贴”改革，一是有利于提高政策的指向性、精准性和实效性；二是有利于促进粮食适度规模经营；三是有利于推动农村金融加快发展。
通知提出，2016年起，在全国全面推开农业“三项补贴”改革，即将农业“三项补贴”合并为农业支持保护补贴，政策目标调整为支持耕地地力保护和粮食适度规模经营。中央财政已将2016年用于耕地地力保护的农业支持保护补贴资金全部提前下达，其中下达黑龙江省、广东省和新疆维吾尔自治区的资金，包含了需兑付给直属垦区农场和兵团团场职工的用于耕地地力保护的资金，由农业部直属垦区、新疆生产建设兵团商当地省级财政、农业部门研究落实；年度执行中下达的农业支持保护补贴资金全部用于支持粮食适度规模经营；中央财政通过上划部门预算下达农业部直属垦区、新疆生产建设兵团、中储粮总公司的农业支持保护补贴资金，全部用于支持粮食适度规模经营。
一是加强耕地地力保护。用于耕地地力保护的补贴资金，其补贴对象原则上为拥有耕地承包权的种地农民；补贴依据可以是二轮承包耕地面积、计税耕地面积、确权耕地面积或粮食种植面积等，具体以哪一种类型面积或哪几种类型面积，由省级人民政府结合本地实际自定；补贴标准由地方根据补贴资金总量和确定的补贴依据综合测算确定。对已作为畜牧养殖场使用的耕地、林地、成片粮田转为设施农业用地、非农业征(占)用耕地等已改变用途的耕地，以及长年抛荒地、占补平衡中“补”的面积和质量达不到耕种条件的耕地等不再给予补贴。鼓励各地创新方式方法，以绿色生态为导向，提高农作物秸秆综合利用水平，引导农民综合采取秸秆还田、深松整地、减少化肥农药用量、施用有机肥等措施，切实加强农业生态资源保护，自觉提升耕地地力。
二是促进粮食适度规模经营。用于粮食适度规模经营的补贴资金，原则上以2016年的规模为基数，每年从农业支持保护补贴资金中予以安排，以后年度根据农业支持保护补贴的预算安排情况同比例调整，支持对象重点向种粮大户、家庭农场、农民合作社和农业社会化服务组织等新型经营主体倾斜，体现“谁多种粮食，就优先支持谁”。各地要坚持因地制宜、简便易行、效率与公平兼顾的原则，进一步优化资源配置，提高农业生产率、土地产出率和资源利用率。鼓励各地创新新型经营主体支持方式，采取贷款贴息、重大技术推广与服务补助等方式支持新型经营主体发展多种形式的粮食适度规模经营，不鼓励对新型经营主体采取现金直补。对新型经营主体贷款贴息可按照不超过贷款利息的50%给予补助。对重大技术推广与服务补助，可以采取“先服务后补助”、提供物化补助等方式。要加快推进农业社会化服务体系建设，在粮食生产托管服务、病虫害统防统治、农业废弃物资源化利用、农业面源污染防治等方面，积极采取政府购买服务等方式支持符合条件的经营性服务组织开展公益性服务，积极探索将财政资金形成的资产折股量化到组织成员。
通知指出，近几年，用于粮食适度规模经营的补贴资金，要按照财政部、农业部、银监会印发的《关于财政支持建立农业信贷担保体系的指导意见》(财农〔2015〕121号)要求，重点支持建立健全农业信贷担保体系，中央财政下达地方用于支持粮食适度规模经营的农业支持保护补贴资金统筹用于资本金注入、担保费用补助、风险补偿等方面，通过强化银担合作机制，着力解决新型经营主体在粮食适度规模经营中的“融资难、融资贵”问题，力争用3年时间建成政策性、独立性、专注于农业、覆盖全国的农业信贷担保体系。通知要求，各地要充分发挥财政注入资本金的作用，尽快启动农业信贷担保业务运营，并根据业务开展情况，合理确定财政注入资本金的规模和节奏。
通知要求，农业“三项补贴”改革事关广大农民群众切身利益和农业农村发展大局，事关国家粮食安全和农业可持续发展，地方各级人民政府及财政、农业部门要切实加强组织领导，细化政策措施，注重宣传引导，加大工作力度，确保完成各项改革任务。
一是加强组织领导。农业“三项补贴”改革工作由省级人民政府负总责，地方各级财政部门、农业部门具体组织实施。要建立健全工作机制，明确责任分工，密切部门合作，抓好工作落实。要结合本地区实际，抓紧制定实施方案，务必于6月30日前将需兑现到农民手中的补贴资金发放到位，让农民群众吃上“定心丸”。要做好政策宣传和舆论引导工作，主动与社会各方面特别是基层干部和农民群众进行沟通交流，赢得理解和支持。地方各级财政部门要安排相应工作经费，保障各项工作有序推进。各省份实施方案在报送省级人民政府审定前要与财政部、农业部充分沟通，正式印发后要及时报送财政部、农业部备案。
二是加强资金管理。中央财政农业支持保护补贴资金按照耕地面积、粮食产量、适度规模经营发展等因素测算切块到省级财政，由各省份结合本地实际确定补贴对象、补贴方式和补贴标准。省级财政、农业部门要切实做好资金拨付和监管工作，督促县级财政、农业部门做好基础数据采集审核、补贴资金发放等工作。农业“三项补贴”改革后，中央财政不再安排农作物良种补贴资金，各地农作物良种推广工作可以根据需要从上级和本级财政安排的农业技术推广与服务补助资金中统筹解决。对于骗取、套取、贪污、挤占、挪用农业支持保护补贴资金的，或违规发放补贴资金的行为，要依法依规严肃处理。
三是加强督导考核。各省级财政、农业部门要密切跟踪农业“三项补贴”改革工作情况，加强信息沟通，重大问题及时报告财政部、农业部。财政部、农业部将强化监管督导检查，研究制定资金管理办法和绩效管理制度，适时对各地农业支持保护补贴政策落实情况开展绩效考核，考核结果将作为以后年度农业支持保护补贴资金分配的重要因素。
