近年来出现的沿海赤潮、草原退化与沙尘暴、土地污染等现象，说明农业环境问题已经凸显。我国农业不能走工业化国家的老路，推动我国农业实现农业生态转型是方向。实现农业生态转型、发展生态农业，必须注重生态农业发展的制度体系建设和完善。
现阶段生态农业发展过程中的政策与法规建设存在的问题主要有：1.好的行为仅仅靠项目一时一事的局部支撑，缺乏行动的系统性，也缺乏长期、公平、通用的办法；2.有关生态农业的要求分散在综合法、单行法和地方法中；3.有关规定原则性的多，可操作性弱；4.缺乏生态农业的专门法规。由于这些问题的存在，导致生态农业发展面临一些不利局面：1.危害生态环境的农业行为得不到有效制止；2.绿色行动没有长期获得资助与鼓励的制度保障，没有可靠的预期；3.缺乏生态农业的发展评估指标和努力方向。
有关建立“生态农业法”的建议如下：
1.完善法律红线。建立强有力的监督执行机制，坚决制止严重危害生态环境的农业行为。违反行为界定：这些行为包括违法占用农田，农田化肥使用超量，农田灌溉超定额，秸秆大田随意燃烧，畜禽粪便不经处理排放，农膜使用后不采取回收措施，草原超定额养畜，海洋河流禁渔期捕鱼等。在法律和政策措施制定中首先补充完善各地可以具体执行的有关“红线”标准。
2.支持绿色工程。建立农业生态转型的经济激励机制，政府对农业生产体系建设中实施了绿色工程的，实行建设成本和运行成本的补贴制度。绿色工程界定：农区景观规划，例如在生态功能区和生态敏感区退出农业或者减少农业强度的工程，农区生态植被建设工程，农业循环利用体系工程，农业生物多样性利用相关措施等。配套经济政策：经费支持上改变项目式和运动式思维，制定稳定的经济激励基本制度。
3.鼓励生态认证。目前我国已经有绿色食品和有机食品的认证制度，但是还没有生态农业的认证制度。国家需要制定生态农业认证制度。认证基本原则：对于那些长期没有突破法律红线、采纳了可行的绿色工程、农村生态环境与农产品[1.16% 资金 研报]质量不仅有可靠生产与采购记录，而且各项检测符合标准的农业生产经营单位与基层农村组织应当给与“生态农业单位”标签。配套经济措施：建立起生态农业认证的激励制度。国家对成功获得生态农业、绿色食品和有机食品认证的生产单位补贴认证费用，认证单位还可以获得低息、免息或贴息农业贷款，农产品可以贴上认证标签上市。
