建设农业生态文明，是转变经济发展方式、保障国家粮食安全的必然选择，是保护资源环境、确保农产品质量安全的客观要求，也是建设美丽乡村、促进城乡发展一体化的有效途径。建设农业生态文明，应跳出简单的环境治理思路，立足“三农”全局，进行系统科学的机制设计，出台切实可行的政策措施。
在路径选择上，建设农业生态文明应注重以下几个方面。一是生产、生活、生态整体推进，农业发展方式转变与农村生态建设相互结合，让农民既得到实实在在的物质利益，又享受到天蓝、地绿、水净的生态福利，实现生产发展、生活富裕、生态良好和社会和谐的科学发展目标。二是循环利用农业废弃物，全面实现生产废弃物减量化、资源化、无害化和再利用。三是针对农业环境治理难点，开展基础性研究和关键性技术创新，使技术进步成果转化为生态效益和经济效益。四是培育新型职业农民，推动农业投入方式、生产方式和组织方式转变，不断提升农业科技含量和劳动者素质，提高广大农民的责任意识和环保意识。
当前和今后一个时期，建设农业生态文明，应抓好以下几个重点。
立足整体优化，加强顶层设计。建设农业生态文明，必须形成系统的农业生态文明制度体系。落实最严格的耕地保护和水资源利用制度，严守生态红线。进一步强化农业资源环境保护法制建设，在划定的生态红线内规范并约束资源利用的方式和强度。尽快编制农业环境突出问题治理总体规划，把资源消耗、环境损害、生态效益纳入经济社会发展评价体系，建立完善规划引导机制和红线保护制度。探索建立农业生态补偿机制，逐步形成农业生态环境保护的财政投入机制、工作激励机制和长效管理机制。
面向生产过程，综合修复治理。面向农业生产全过程，加强源头预防、过程控制和末端治理，实施生态环境突出问题综合治理。严格控制城市和工业“三废”向农村扩散，加快建设农业废弃物处理利用设施，推进农业废弃物无害化处理与资源化利用。合理使用化学投入品，推广测土配方施肥和增施有机肥，建立地膜残膜回收利用体系。建设农业面源污染综合防治示范区，严格执行畜禽养殖业污染物排放标准，启动实施规模化畜禽养殖主要污染物总量减排工程。开展重金属污染调查，及时掌握土壤污染变化动态，加大土壤污染治理修复力度。
着眼实际问题，研发关键技术。科技创新是建设农业生态文明的重要支撑。大力研发农业面源污染防治、农业废弃物资源化利用和农产品产地污染治理修复等实用技术，重点开展秸秆收储及产业化技术研发、地膜残膜资源化利用等科技攻关。加强耕地质量保护和建设，发展节水节地节肥节药技术，建设旱涝保收高标准基本农田。针对生态脆弱区等重点生态资源保护区域部署科学研究和技术开发，提升生态环境及农业资源保护能力和水平。
健全支持体系，建设美丽乡村。对绿色循环低碳发展、节约集约利用资源、生态环境保护等重大工程和耕地质量提升、土壤污染修复治理、农业面源污染防治等重点项目，在税收优惠、金融保障、财政支持等方面构建政策支持体系。对美丽乡村建设，加强分类指导，整合现有项目、资金、技术资源，创建一批示范村（镇），推广农业部美丽乡村建设十大模式。重点实施农村清洁工程和清洁生产，培育新型职业农民和农业经营主体，大力推广现代生态农业生产技术。
