果蔬贮运过程中常常会发生病变腐烂现象，造成贮藏损失，农户应尽量避免。
生理病害
冷害 为减轻冷害的损失，应避免在冷害温度下进行贮藏。如采前已受到冷害温度的影响，采后宜短时间放在较温暖处，或用缓慢降温的方法。贮运中遇到冷害温度，用变温或间歇加温处理也可延缓冷害症状的出现，如果果蔬已严重受到冷害影响，应维持原来的库温或比原库温稍低，并尽快出库销售，如突然提高库温，会加速果蔬腐烂。此外，预冷、保持高湿和气调贮藏三者相结合，也是减轻冷害的有效措施。快速冷却会促进冷害的发生，逐渐降温则可缓和这种影响。因此，用冷库贮藏果菜，不可一入库即将温度调得很低，而应逐渐降低库温。
气体伤害 氧浓度过低或二氧化碳浓度过高，会造成生理伤害。不同的果蔬贮藏时能耐受的低氧和高二氧化碳浓度有差异，因此贮藏时应选择透气量不同的保鲜袋包装，以免因气体不适造成伤害，这也是不同的果蔬要采用不同品种的保鲜袋的主要原因。
侵染性病害
果蔬采后病害发生的原因是复杂的，病害的防治措施则与这些因素密切相关。
据调查发现，多数采后病害和田间病害是同一个病原菌。采前防病应采用各种保证果蔬健壮生长的综合栽培措施，包括选择抗病耐藏品种栽培、做好田间卫生管理、选择适当的药剂防治（安全间隔期为7~14天）。收获时应选择健康地块采收，而不能从有病地块中挑选没病没伤的果实贮藏。
果蔬采后病害中有些病原菌是寄生性较强的，但更多的病菌是弱寄生性的或腐生性的，需从伤口侵入或产品受到生理伤害（如冷害）时大量发生。对于这类病害，下述措施有一定的防治效果：1.尽量减少机械损伤；2.采收时采用锋利的剪刀将果柄处剪成平滑的切口，使其切口尽快形成愈伤组织；3.摘掉凋萎的花瓣。
在采收运输过程中还应注意所用包装物品的清洁卫生，装菜用的菜筐在使用之前应消毒。在贮藏过程中应严格控制适宜的温度。多数采后病害在较高的温度下发展迅速，适宜的低温可控制其发展。但果菜类切忌贮温过低造成冷害，应严格控制适宜的贮藏温度，减少腐烂损失。
果蔬贮藏中为防止水分损失，常采用塑料薄膜包装，因此常处于高湿状态。如结合适当的化学药剂处理可明显减少腐烂。如防霉灵熏蒸剂（含50%仲丁胺）、SB（仲丁胺衍生物）、CHC（次氯酸钙制剂）等用于果菜类有较好的效果。
贮藏中应经常检查贮藏情况，发现病果及时拣出。但拣出时要注意，病果和健果应避免传染，否则会造成好果腐烂。
