一、科学保管。微生物农药是活体制剂，必须保存于闭光、低温、通风、干燥的地方。不能和杀菌剂、抗病毒剂及碱性物质混合存放。否则，易促使活的生物体死亡，降低药效。
二、看天用药。当气温在10-27℃，随气温升高害虫取食量和体内吸收量增加，细菌芽孢或病毒进入害虫体后，繁殖快、毒性大，促使害虫更快致病死亡。因此，生物农药在5-9月的阴天或药后阴天、晴天下午应用，可明显提高效果。
三、对症选用农药。生物农药应用范围相对较窄，具有严格的选择性，如春雷霉素只防治稻瘟病，鲁保一号仅防除菟丝子。因此，根据当地当时发生的主要病虫草害，对症用药，才能收到理想的效果。
四、适当提前用药。生物农药使用后，防效比化学农药稍慢，应加强病虫预报，比化学农药提前3-5天使用。杀虫剂在卵孵化期至幼虫2龄前，杀菌剂在发病初期，病叶率为5％时喷施，效果较好。
五、采用正确的施药方法
1、浓度适宜，科学间隔。细菌性杀虫剂一般每公顷用活孢子数在100亿/克上的菌粉2200-2500克，虫口量大，世代重叠，虫龄不齐，单位面积一次用药量大，间隔期短。苏云金杆菌防治小菜蛾，大菜粉蝶间隔10-15天，防治三化螟间隔5-6天。
2、喷洒均匀。生物农药一般以胃毒为主，均匀喷施可提高防效。粉剂使用前称取所用药量，加入少量水搅成糊状，再对入所需水量；乳剂使用前要充分摇匀，根据每公顷用药量对入所需水量750-1000公斤，搅匀即可。在溶液中加入0.1％的洗衣粉、皂角或茶子粉作粘着剂有利于提高喷洒效果。
3、正确配方，混合使用。生物农药杀虫防病针对性强，农药混配可扩大应用范围，提高药效，特别是在暴食性害虫成灾时，十分必要。但不宜和碱性农药、内吸性有机磷杀虫剂混配，禁止与杀菌剂、抗病毒剂混用。在配方混用时，应做到随配随用，不可久放。
