由于菠菜能耐受-9℃的低温，因此一般采用冷藏加塑料薄膜敞口包装的保鲜方法，从而有效抑制水分的损失，显著地延长保鲜期。
具体的操作步骤如下：
1.适时采收。供贮藏的菠菜宜在傍晚等气温相对较低的时候进行采收，将采收的菠菜整齐地码在菜筐内，用湿麻袋覆盖，如果运输不太方便可以就在菜圃内过夜。以降低菠菜的温度。
2.整理、包装。剔除黄叶、机械损伤，过老或过嫩的菠菜，选择大小、成熟度基本一致的菠菜，并根据每蔸菜的大小进行分级。选用食品级的叶菜类塑料薄膜保鲜袋（如国家农产品保鲜中心生产的叶菜塑料薄膜保鲜袋、海军医学研究所研制的高密度聚乙烯塑料薄膜袋），将分好级的菠菜装入塑料袋内，每包盛装3kg左右。塑料袋最好不封口，这样可创造并保持高湿度条件，从而降低菠菜水分损失。
3.贮藏环境的控制。菠菜的贮藏适宜温度一般控制在2℃左右。2℃的低温环境能显著抑制叶菜类蔬菜水分散失，从而保持叶菜的弹性和光泽，降低叶类蔬菜细胞膜的膜透性，抑制叶绿素的降解，减缓失绿黄化，低温还能抑制微生物繁殖。
经试验表明，用不封口的塑料保鲜膜贮藏菠菜，置于2℃的低温环境中，保鲜期可长达63天左右。
