大棚大部分时间种植蔬菜，特别是冬季，给病虫害的越冬繁衍提供了适宜的生态条件，使蔬菜病虫害及生理障碍日趋严重。因此，病虫害的防治和克服作物生理障碍，是大棚栽培蔬菜成功的关键。
除了在各种不同栽培品种、时期及时防治病虫害外，不定期用百菌清熏蒸，消灭病菌。地下害虫用呋喃丹防治。
（一）大棚栽培的生理障碍及其矫治措施
1、高温生理障碍：主要表现影响花芽分化，如黄瓜在高温长日照下雄花增多，雌花分化减少；番茄、辣椒花芽分化时遇高温，花变小，发育不良。
①日烧：主要症状，初期叶片褪色后变为乳白状，最后变黄枯死。
②落花落果，出现畸形果。高温，尤其是夜间高温不但延迟番茄第一花序的雌花分化，而且还会影响雄蕊的正常生理机能，不能正常授粉，引起落花落果。
③影响正常色素形成：果实成熟期高温危害表现在着色不良。番茄成熟时，温度超过30℃，茄红素形成慢；超过35℃，茄红素难以形成，果实出现黄、红的几种颜色相间的杂色果。
防止措施：主要是加强通风，使叶面温度下降。遮阳网覆盖，也可以用冷水喷雾，降低棚温。
2、有毒气体生理障碍
氨气中毒：当氨气在空气中达到0.1%─0.8%浓度时，就能危害蔬菜，如果晴天气温高，氨气挥发浓度大，1─2小时即可导致黄瓜植株死亡。
防治措施：有机肥要充分熟腐施用，化肥要量少勤施。
（二）黄瓜、番茄典型生理障碍症状及矫正措施：
1、黄瓜蔓徒长；花打顶，生长点附近节间缩短，形成雌雄杂合的花簇，瓜苗顶端不生成心叶而呈现抱头花；黄化叶和急性萎蔫症。
发生原因：偏施氮肥。早春低温、昼夜温差大、阳光不足、根系活动差，育苗时土壤养分不足。
防治措施：适时移栽，前期加盖小拱棚提高温度。加强通风换气，正确施肥，管好水分及温度和阳光。
2、黄瓜、番茄畸形果
番茄开花期营养过剩，氮磷肥过多，特别是冬季或早春，在花芽分化前后，当遇到几天6─8℃的低温就会出现畸形果，用浓度过高的激素处理，或处理期间温度偏低，光照不足，空气干燥，或者是营养条件极差，本来要掉落的花经激素处理，抑制了离层，但得到的光合产物少形成了粒形果、尖形果和酸浆果（来源：市农产品检测中心）
