果树苗木秋季芽接后，一般当年不出圃或出半成苗。对于嫁接成活的苗子，要适时剪砧，促使接芽充实饱满，以利第二年春天萌发生长。通常剪砧的方法是：一次剪砧，即在接活的第二年春天接芽萌发前，在接芽以上2厘米处剪去砧木。这种方法虽然用工少、易掌握，但由于砧木苗株全部保留，枝条水分蒸腾量大，会造成砧木失水，影响成活。自2004年，我们在枣庄市山亭区不同地点分别作了在相同土、肥、水等栽培条件下的不同剪砧方法的试验。通过几年的试验和生产实践证明，秋季芽接苗采用分次剪砧法比一次剪砧法成活率高。
分次剪砧的方法是：在接芽嫁接成活后，在接芽以上30厘米处折砧木，使其似断似连，到越冬土壤封冻前，在接芽以上5厘米处剪去砧木，到第二年春天接芽萌发前，再在接芽以上2厘米处剪去砧木，每次剪砧后用蜡或调和漆涂抹剪口，以防水分蒸发。
分次剪砧法工序比较复杂，但成活率高。据试验，苹果苗采用此法比一次剪砧成活率高1倍左右，山楂苗提高60%以上，梨树提高50%以上。
