"菌肥"是从自然界中采集到的活性菌种，经人工提纯、复壮等技术加工而成的一种无公害新型复合生物肥。好的菌肥，如金宝贝菌肥，不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质、腐殖酸和微量元素等。在施用过程中应注意以下几点：
1.有效期目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，存放时间过长，其菌种的休眠状态可能被破坏。也有一些微生物肥料可以存放比较长，拿金宝贝微生物菌肥来说，一般来说金宝贝微生物菌肥可以正常存放2年。
2.温度 施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。固氮菌肥最适温度土壤的含水量是60%～70%.
3.地点 对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
4.菌数 有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克）,复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。如金宝贝微生物菌肥中活效菌数，大约4～6亿/克。
5.时期 生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7~10天施用，效果最佳。
6.混合 应注意，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
7.用量 对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%,磷、钾肥只能补足，不能减少。
