葡萄穗轴褐枯病主要危害幼嫩的花蕾、穗轴或幼果，使其萎缩、干枯，造成大量落花落果。一般减产10％-30％，严重时减产40％以上。
据省农科院园艺所果树研究专家吴伟民介绍，高湿是葡萄穗轴褐枯病流行的主要原因。5月上旬至6月上中旬出现低温多雨天气有利于病菌侵染，开花期遇低温多雨天气有利于该病发生蔓延。地势低洼、浇水过多、通风透光差、田间管理粗放、肥力不足和树势较弱的葡萄园发病较重。巨峰是易感病品种，新玫瑰、龙眼、玫瑰露等品种较抗病。当果粒长到黄豆大小时，病害停止侵染。
防治葡萄穗轴褐枯病，可以采取以下措施。一是及时清园。清除病枝、病果，集中销毁，减少越冬菌源。二是抹芽整梢。及时抹芽、摘心、修剪果枝，改善通风透光条件。三是合理施肥。增施有机肥和磷钾肥，控制氮肥，增强植株抗病力。四是清理沟系。开辟一套沟系，降低雨天田间湿度。五是化学防治。葡萄芽萌动后，用石硫合剂重点对结果母枝喷施，消灭越冬菌源。葡萄叶片充分展开后，选用80％代森锰锌可湿性粉剂、78％波·锰锌可湿性粉剂、50％福美双可湿性粉剂、50％异菌脲可湿性粉剂等药喷雾，具有一定的保护作用。在花序分离期和花后1周，可以选用50％多菌灵可湿性粉剂、70％甲基硫菌灵可湿性粉剂、50％乙烯菌核利于悬浮剂、400克／升嘧霉胺悬浮剂等药喷雾防治。设施栽培田间湿度大时，也可以选用嘧霉胺或腐霉利烟剂熏烟。注意交替用药，以延缓病菌抗药性的产生。喷药时喷头离受药部位30厘米，喷匀喷透。
