1、取长补短，培肥地力。化肥的养分单一，含量高，肥效快，但持续时间短;有机肥养分齐全，肥效持久，可改良土壤，培肥地力。二者混用，可取长补短，全面供给作物生长所需养分，促进作物健壮生长，提高增产效益。
2、保蓄养分，减少流失。化肥溶解快，溶解度大，施入土壤后，土壤溶液浓度一时会很快增高，造成作较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，增加了养分的流失和机会。有机肥和化肥混合使用，可以克服土壤溶液陡然增高的弊病，同时，有机肥可以改善作物对养分的吸收条件，提高土壤蓄水保肥能力，防止和减少化肥养分的流失，提高化肥利用率。
3、减少养分固定，提高肥效。化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收，鳌合或固定，降低肥效。如过磷酸钙和钙镁磷肥直接施入土壤，容易同土壤中的铁、铝、钙等元素结合，生成难溶性的磷酸物而被固定，造成有效养分损失。若与有机肥混合施用，不仅可减少与土壤接触面，减少土壤与化肥的固定机会，而且可使磷肥中那些难溶性的磷转化成作物能利用的有效磷，提高磷肥的肥效。
4、改善土壤结构，促进持续增产。长期单施化肥会被破坏土壤的团粒结构，造成土壤粘重板结，降低耕作性能和供肥性能。有机肥含有丰富的有机质，可活化疏松土壤，降低容量;可改善土壤的水、肥、气、热等理化性状;调节酸碱度。二者混用，既可提高产量，又可促进农业的可持续性发展。
5、促进微生物活动，增加土壤养分。有机肥是微生物生活的能源，化肥是微生物生长的无机营养，二者混用促进微生物活动，进而促进有机肥的分解，产生大量二氧化碳和有机酸，有助于土壤中难溶性养分溶解，供给作物吸收。二氧化碳能增加作物的碳素营养，提高光合效率。微生物生命短暂，死亡后即分解释放出养分，供作物吸收利用。
