金针菇在生产完第一潮菇后，培养料中因为缺少水分及营养，菜农在不能及时补足的情况下，常会导致金针菇的产量和质量大幅降低，这样就需要菇农及时向培养料中补充营养液，以确保金针菇产量和质量的提高。实验证明，通过给金针菇补充2分钱的营养液，可以多产100多克金针菇，按照每斤金针菇2.0元的价格计算，可以增加0.4元的效益，因此菇农一定要注意为金针菇补充营养。然而现在菇农在种植金针菇时通常分平面栽培及立体栽培两种方式，这样菇农在给金针菇培养料补充营养液时方法就应有所区别。
首先，对于平面栽培的金针菇，因为袋口向上，采用这种模式种植金针菇的菇农可以按照菇耳高能源300倍或菇多生200倍的比例溶于水后，直接用水瓢或水壶将营养液倒入料袋内，让营养液自然渗入培养料中。经过2-3天后检查营养液是否全部渗入培养料中，对于没有完全渗入培养料中的营养液，菇农应将其倒掉，并装入容器中带出棚外，然后再按照第一潮菇的管理方法进行管理，即可促进金针菇产量的提高。
其次，对于使用立体栽培方式种植的金针菇，因为所有的料袋都横卧并码在一起，袋口朝向一侧，这样菇农就必须使用补水针进行补水。菇农可以将配好的菇耳高能源或菇多生营养液装入水桶中，然后再使用微型水泵加压，将营养液压入金针菇培养料中，补充原则按照采多少菇补充多少营养液，切忌将营养液注入过多。如果营养液注入过多，营养液就会从培养料中流出，容易造成病害的传染。
