鸡已感染病毒接种时鸡体内已潜伏有强毒病原微生物，只是未表现明显的临诊症状，或接种人员和接种用具带有强毒病原微生物。
接种时间不适宜饲养户难以确定接种疫苗的准确时间，其免疫效果也就存在不确切的可能性。如果接种的时间过早，则会中和雏鸡体内的母源抗体，被中和的这些鸡疫苗就起不到免疫作用；若疫苗接种的时间过晚，因雏鸡体内母源抗体水平低，则可能在预防接种前已被病毒感染而发病。
疫苗选用不当而引发疾病例如，雏鸡大剂量使用新城疫Ⅰ系疫苗会导致扭头、转圈等神经症状，大剂量使用传染性喉气管炎疫苗会出现流泪、喉头出血等传染性喉气管炎症状。
鸡接种疫苗后引起不良反应例如，鸡新城疫Ⅰ系疫苗、鸡传染性支气管炎疫苗、甘保罗病疫苗的接种，可能造成本来不明显的败血性霉浆体病的暴发。因此，当鸡群中在鸡霉浆体病潜伏又要进行上述疫苗接种时，应考虑提前1-2天给免疫接种的鸡连续服用药物，以便减轻或防止潜伏疾病的暴发。
疫苗使用技术错误近年来常用的法氏囊灭活疫苗的使用方法一般有两种：一种是混在水里通过饮水进行接种，另一种是通过滴服法进行接种。有些养鸡户将两种方法混为一谈，往往图省事，把本来应该滴服接种的疫苗改为饮水接种，因其使用方法不当导致免疫失败。另外，有的养鸡户虽然利用饮水接种疫苗的方法正确，但因使用的自来水带有消毒药，或者使用金属类饮水器，或者停水时间不当，或者疫苗饮水时间过长（超过两小时）等，造成疫苗效价降低，从而影响了免疫效果。
不同种类疫苗间的相互干扰作用一个养鸡场可能不止进行一种疫苗的免疫接种，往往几种疫苗同时使用。例如，有的养鸡户同时给鸡接种鸡新城疫Ⅰ系疫苗和鸡痘疫苗。由于鸡新城疫Ⅰ系苗具有很强的干扰作用，可导致鸡痘疫苗免疫失败，从而有可能发生鸡痘。另外对最流行的传染病，为了保证免疫效果，最好单独接种，以便产生很强的免疫力。
